Jungsteinzeitliche Bauten bezeugen eine sehr frühe Besiedlung auf der Insel Werd und am nahen Unterseeufer. Von dieser Zeit an war die Gegend ununterbrochen besiedelt. Dementsprechend wurden zahlreiche interessante Funde gemacht, teilweise von internationaler Bedeutung. Darunter befinden sich der berühmte Goldbecher von Eschenz (2000 v. Chr.) und eine gallorömische Holzfigur (60-70 n.Chr.). Im frühen 1. Jahrhundert n.Chr. errichteten die Römer hier ein Dorf (Tasgetium) und eine Holzbrücke über die Insel Werd zum andern Seeufer. Dazu kam im 4. Jahrhundert der Bau eines Kastells in "Vor der Brugg" (Stein am Rhein), das als Teil eines weiträumigen Dispositivs der Verteidigung des Limes und zum Schutz vor den Allemanneneinfällen diente. Die Bewohner lebten von Ackerbau, Viehzucht und der Fischerei. Die Entstehung des Kastells führte wahrscheinlich zu einem Bevölkerungsrückgang im Raum Eschenz. Der Wegzug der Römer vollzog sich kurz nach 400; darauf erfolgte eine friedliche Landnahme durch die Allemannen.
Über die Zeit bis zum 10. Jahrhundert ist wenig bekannt. Auf der Insel Werd verbrachte Otmar, der erste Abt der Benediktinerabtei St. Gallen, die letzten Monate seines Exils und verstarb hier 759. Zu dieser Zeit muss bereits ein Vorgängerbau der heute noch vorhandenen romanischen Kapelle auf der Insel bestanden haben. In der Folge entwickelte sich Werd zum Wallfahrtsort. Im Jahr 799 wird Eschenz als Exsientia erstmals urkundlich erwähnt. Damals mögen im Raum des heutigen Unter- und Obereschenz ein bis zwei Gutshöfe bestanden haben.

Im Jahr 958 schenkte Kaiser Otto 1. dem noch ganz jungen Benediktinerkloster Einsiedeln eine bereits in Untereschenz bestehende Kirche, die Insel Werd samt Kirche (heute noch in dessen Besitz) und einen nahegelegenen Gutshof. Von diesem Kern aus entwickelte sich in den folgenden Jahrhunderten die Besiedlung dank umfangreichen Rodungen und dehnte sich in östlicher Richtung und den Hügelzug des Seerückens hinauf aus. Dabei profitierte Eschenz sicher von der Entwicklung des benachbarten mittelalterlichen Handelsstädtchens Stein am Rhein. Eschenz bildete sich in der Folge zu einer Herrschaft mit niederer Gerichtsbarkeit heraus, die nach wie vor in Einsiedler Hand lag.
Aus der Kirche in Untereschenz entstand durch die Pastoration Einsiedelns die Pfarrei Eschenz, die dem Kloster 1362 formell inkorporiert wurde. Zwischen 1525 und 1529 trat Eschenz zum neuen Glauben über und bis 1569 wurde nur evangelischer Gottesdienst gehalten. Dann diente die Kirche 10 Jahre lang beiden Konfessionen. 1580 wurden, nachdem die Rekatholisierung energisch und erfolgreich vorangetrieben worden war, die Evangelischen der Pfarrei Burg (Stein am Rhein) zugewiesen. Die gegenwärtige katholische Kirche in Obereschenz wurde 1737 erbaut; die Kirche in Untereschenz brach man ab. Zur Pfarrei Eschenz gehören auch die Katholiken der politischen Gemeinde Wagenhausen. Die Kapelle St. Otmar und Insel Werd vermietet Einsiedeln seit über 30 Jahren an eine kleine Franziskaner-Gemeinschaft, die von hier aus u.a. Pastoration in den umliegenden Gemeinden betreibt.
Um 1300 wurde auf einem Felssporn, 1 km südöstlich von Obereschenz, die Feste Freudenfels erbaut. Sie stellte ein Glied dar in der Kette von Befestigungen, die im Besitz der Herren von Hohenklingen (Stammsitz ob Stein am Rhein) waren und den Schutz von Stein am Rhein und der florierenden Handelsschiffahrt auf dem Untersee dienten. Gleichzeitig wurde von hier aus die gleichnamige Gerichtsherrschaft verwaltet. Nach zahlreichen (spekulativ begründeten) Handänderungen - unter den Besitzern finden wir auch die Herzöge von Österreich - gelangte die Herrschaft Freudenfels 1623 in den Besitz Einsiedelns. Das Kloster erwarb diese auf Betreiben und damit Unterstützung der schweizerischen Benediktiner Kongregation, welche die Rekatholisierung der Gegend festigen und ausbauen wollte. Damit war nun die Herrschaft Eschenz mit derjenigen von Freudenfels in einer Hand vereint. Im Zug der Helvetik (1798 - 1803) verlor die Herrschaft Freudenfels-Eschenz ihre gerichtsherrlichen Privilegien und ihren Grundbesitz und schmolz nach und nach zu dem, was sie heute ist: Schlossanlage und Landwirtschafsbetrieb - beides immer noch in Einsiedler Besitz. Die Schlossgebäude wurden 1989-1992 zu einem gediegenen Ausbildungs- und Begegnungszentrum umgestaltet, das gegenwärtig langfristig an eine Bank vermietet ist.

Anstelle der beiden Teilherrschaften trat als Rechtsnachfolgerin 1803 die (heutige politische) Gemeinde Eschenz. Von ihrem Gebiet her war sie zunächst umfangreicher als ihre vereinten Vorgängerinnen. 1851 schrumpfte sie erheblich durch die Abtrennung der jenseits des Seerückens gelegenen heutigen Gemeinde Hüttwilen. Bevölkerungsmässig bedeutete dies ein Verlust von 50 Prozent. Eschenz blieb zunächst ein reines Bauerndorf, in dessen Umgebung seit dem Mittelalter und bis zu den Reblaus- und Mehltauepidemien des ausgehenden 19. Jd. auch im grossen Stil Weinbau und nicht in geringen Mass Fischerei betrieben wurde. Im Dorf waren auch einige Handwerker anzutreffen. Die im 17. Jh. bereits auszumachenden Dorfkerne Unter- und Obereschenz waren indes noch lange nicht miteinander verschmolzen. Die politische Verschmelzung zur Einheitsgemeinde hingegen fand 1870 statt. Die Lage an der Seestrasse nach Konstanz verhalf ihr nicht zu einer nennenswerten Entwicklung, wenngleich ab 1846 die Postkutsche vor dem Raben haltmachte. Auch der direkte Strassenanschluss (1861) über den Seerücken zur Kantonshauptstadt und zum Thurtal sowie der Anschluss an das Eisenbahnnetz (Bahnhofbau 1875; Linien Winterthur-Etzwilen-Konstanz und ab 1895 Schaffhausen - Stein am Rhein) brachten wenig Veränderungen. Eine Ansiedlung von Industriebetrieben fand nicht statt. Anstelle des Weinbaus und der Fischerei traten um die Jahrhundertwende Ackerbau und Viehwirtschaft. Erst 1931 entstand die erste und einzige Fabrik, die Unipektin, ein Betrieb aus der Lebensmittelbranche, die heute 80 hochwertige Arbeitsplätze sichert. Ein nahtloser Übergang zwischen Unter- und Obereschenz kam erst nach 1960 mit dem Nationalstrassenbau zustande, als auch in Eschenz ein gewisser Bauboom einsetzte. Heute prägen Gewerbebetriebe und Wohnhäuser das Dorfbild, während Einzelhöfe, die Weiler Bornhausen, Staad, Eppenberg, Windhausen und ausgedehnte Waldgebiete die Landschaft charakterisieren.